Im Kloster lebten seit jeher auch Knaben, die Mönche waren oder solche werden wollten. Spätestens aus der Zeit nach der Reformation weiss man, dass es Schüler gab, die nicht Kandidaten waren, und die in den «klassischen Fächern» ausgebildet wurden. Bedeutung erlangte die Schule, als nach dem Sonderbundskrieg 1848 die Jesuiten ausgewiesen wurden und die Benediktiner und Kapuziner das Mittelschulwesen in der katholischen Schweiz übernahmen. Die im Kloster Einsiedeln geführte Schule war lange Zeit ein Internat mit hundert internen Schülern. Hinzu kamen externe Schüler. Ab 1970/1971 besuchten die ersten Mädchen die Stiftsschule. Im Jahr 2002 wurde das Internat der Stiftsschule geschlossen und die Schule als Gymnasium für externe Schüler weitergeführt. Anfangs September 2007 wurde das Internat wiedereröffnet.