Das Kloster Einsiedeln hat sein Internat, das - wie in den meisten Klosterschulen - über Jahrzehnte bestanden hatte, anfangs Juli 2002 aus unterschiedlichen Gründen geschlossen. Das neue Internat wurde anfangs September 2007 eröffnet. Es ist zum einen viel kleiner und beherbergt zum andern Knaben und Mädchen. Zurzeit zählt das Internat 29 Schüler und 9 Schülerinnen. Im Vollausbau werden es zwischen 50 und 60 Schülerinnen und Schüler sein. Diese leben vom Sonntagabend (19.30-21.00 Einrücken) bis Freitagabend (17.30) im Internat. Über das Wochenende ist das Internat geschlossen.
Ein Team von drei Personen leitet das Internat: der Internatsleiter mit einem 100%-Pensum, seine Stellvertreterin mit einem 80%-Pensum und eine Teilzeitmitarbeiterin mit einem 30%-Pensum. Die Internatsleitung ist in die Lehrerkonferenz integriert und hat Einblick in die Wochennoten (Ordner im Lehrerzimmer). Dies ist wichtig in Bezug auf die Kontrolle des Studiums und die Organisation der Nachhilfe.
Das Internat ist dem Rektorat der Stiftsschule zugeordnet. Die strategische Leitung liegt beim Rektor. Er bestimmt über die Aufnahme und allfällige Entlassung der Internatsschüler. An regelmässigen Sitzungen zwischen Rektorat und Internatsleitung werden Alltagsgeschäfte und spezielle Vorkommnisse besprochen.
Mit dem Motto „Gemeinsam-Leben-Lernen“ stellt sich das Internat die Aufgabe, die Sozialkompetenz, die persönliche Entwicklung und den schulischen Erfolg zu fördern. Flankiert durch Reglemente und Ordnungen geschieht dies in den vier Hauptbereichen des Internates:

1. Unterkunft: Zimmer und Aufenthaltsräume inkl. die gesamte notwendige Infrastruktur;
2. Verpflegung: Frühstück, Nachtessen und Imbiss. Das Mittagessen ist Teil der Tagesschule;
3. Studium: kontrolliertes Lernen im Studiensaal für 1.-3.Klasse, im Zimmer für die Oberstufe. Bestimmte Zeiten sind für Gruppenarbeiten reserviert. Das Mittagsstudium ist in die Tagesschule integriert gemeinsam mit den externen Schülerinnen und Schülern.
   4 Freizeit: Organisation von Freizeitaktivitäten, teils obligatorische, teils freiwillige.