Nach 1797 kam er in die Lehre beim Maler und Kunsthändler Johann Heinrich Füssli (1755–1829) in Zürich und arbeitete dort bis 1815. 1799 hatte er eine Karte für ein Reisehandbuch gezeichnet, später folgten ähnlich Werke. 1827 erschien eine Karten des Kantons Zürich, 1830 eine Wandkarte der Schweiz. Gefördert wurde Keller unter anderem auch durch Hans Conrad Escher von der Linth. Als einer der ersten Zeichner entwarf Keller Panorama-Ansichten, die ihm grosse Anerkennung brachten. Trotz seiner Behinderung bestieg er den Albis, die Rigi und den Üetliberg. 1817 trennte er sich von Füssli und führte fortan seinen eigenen Verlag in seinem Haus an der Unteren Zäune 23.